水性油墨與其他印刷油墨一樣也是由色料、連結料和油墨助劑組成，先將有機顏料制作成顏料顆粒水分散體也就是顏料色漿，再與連結料和助劑混合分散制作成水性油墨，因此水性油墨選用有機顏料是至關重要的，在選用上應注意以下事項：
(一)有機顏料的耐堿性
有機顏料是賦予油墨顏色特征，滿足印刷對色彩要求的材料。涂料顏料色澤鮮艷，著色力強。耐曬性能優良，耐溶劑性；無遷移性。由于水性油墨的連結料樹脂大多為堿溶性的，水墨的粘度和pH值需要精確控制，pH值一般控制在8.0～9.5之間。當pH值高于9.5時，堿性太強，油墨的粘度會降低，使干燥速度變慢，耐水性能變差；而當pH值低于8.0時則堿性太弱，油墨的粘度會升高，油墨易干燥，會造成臟版、糊版和起泡等缺陷。因此選用有機顏料時須使用耐堿性良好的顏料。
(二)有機顏料的相對密度
水性油墨用有機顏料的相對密度彼此相差懸殊時，相對密度小的有機顏料容易漂浮在上，例如墨綠色水性墨常以炭黑、酞菁藍鉛鉻黃等顏料配合調色，容易產生浮色、發花、沉淀等現象；有機顏料的相對密度太大時，則因其容易沉淀結塊而破壞水性墨的穩定性，如鐵紅、鉻黃等，常因結塊無法攪開。高郵顏料主要用于塑料和涂料，油漆的著色，也用于 合成纖維的原液著色。
(三)有機顏料的組合
不同的有機顏料其物化性質如相對密度、酸堿性、極性及結晶狀況等均不相同。顏料工廠優良耐光耐氣候牢度，在1/3至1/25SD其耐光牢度可達到7級；良好的耐熱穩定性使其用于丙烯腈原漿著色。該品種有優異的應用牢度，可用于涂料印花色漿，也用于高檔包裝印墨及裝飾漆。因此在制造油墨過程中若采用多種有機顏料、填料，常因為其物化性質的差異較大，即使強烈地攪拌也只能使其暫時分散在油墨中，貯存時間長了常會出現顏料沉淀、浮色等現象。故在制水墨時選用的有機顏料、填料的種類應盡量少些。但有時為了能達到色相和性能要求，不得不選用幾種顏料。